持續(xù)在世界各地進行修業(yè)之旅的小智（松本梨香 配音）、小剛（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），歷經長途跋涉終于來到了位于山谷丘陵處的目的地阿拉莫斯鎮(zhèn)。小鎮(zhèn)上聳立著象征時間與空間的時光之塔，新一輪的神奇寶貝競賽將在塔的下方舉行。小智一行走錯了路，卻由此結識當?shù)氐拿利惻惤z（加藤ローサ 配音）。緊張的戰(zhàn)斗與快樂的游玩，卻未察覺危險正悄悄逼進。小智遭到噩夢精靈達庫萊伊的襲擊，雖然達庫萊伊被當?shù)厮腥擞憛?，但是它似乎想將某種危險、恐怖的信息及時傳給小智一行，關于時空之塔的秘密即將揭開…… 本片為神奇寶貝系列第十部電影劇場版。